Le chanvre est réputé insensible à la plupart des maladies virales, bactériennes et fongiques. Ceci est surtout dû au fait que les variétés actuellement proposées aux agriculteurs sont des variétés dites « population », c'est-à-dire hétérogènes quant à la résistance aux pathogènes. Ainsi, seule une faible proportion de plantes sont touchées en même temps par une maladie. D'une manière générale, la culture ne connaît donc pas de perte de rendement liée aux maladies et ne nécessite aucun traitement fongique entre le semis et la récolte. Il n'y a pas de produits homologués sur cette culture.
Les rares maladies observées sur la culture sont : le Botrytis, le Sclérotinia et le Rhizoctone.

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