La gouvernance stratégique de l'ITC est assurée par son Conseil d'Administration, constitué à part égale d'un collège des producteurs (FNPC) et d'un collège des transformateurs (UTC). Son rôle est de définir les orientations de l'association, de valider les programmes de développement et de réaliser une 1ère évaluation des actions. Il est présidé par Monsieur Benoît Savourat.